تشمل مواد شهادة البكالوريا الصفين الثاني والثالث، حيث يتعلم الطلاب في الصف الثاني الثانوي مجموعة من المواد الأساسية مثل اللغة العربية واللغة الأجنبية الأولى والتاريخ، بالإضافة إلى مادة أخرى تتعلق بالمسار الذي يختارونه، ففي مسار الأعمال، يمكن للطالب اختيار بين المحاسبة وإدارة الأعمال، بينما في مسار الطب وعلوم الحياة، يختار الطالب بين الرياضيات والفيزياء، أما في مسار الهندسة وعلوم الحاسب، فهناك الكيمياء أو البرمجة، وبالنسبة لمسار الآداب والفنون، يمكن اختيار علم النفس أو اللغة الأجنبية الثانية.
في الصف الثالث الثانوي، يتعمق الطلاب في مفاهيم معينة، حيث يدرس طلاب مسار الطب وعلوم الحياة مادتي الأحياء والكيمياء بمستوى متقدم، بينما يركز طلاب مسار الهندسة وعلوم الحاسب على الرياضيات والفيزياء بشكل متقدم، وطلاب الأعمال يتناولون مادة الاقتصاد والرياضيات بمستوى متقدم، وأخيرا، يتخصص طلاب الآداب والفنون في جغرافيا بمستوى متقدم والإحصاء.
نوه وزير التربية والتعليم، محمد عبد اللطيف، أن نظام شهادة البكالوريا المصرية المزمع تطبيقه اعتباراً من العام الدراسي ٢٠٢٥/٢٠٢٦ يعد خطوة متقدمة في تطوير التعليم الثانوي، حيث يتيح للطلاب اختيار المسار الذي يتناسب مع ميولهم واهتماماتهم، كما يقدم فرص امتحانية متعددة بدلاً من الاعتماد على امتحان واحد يكون له آثار كبيرة على مستقبل الطالب، مما يساهم في تحسين جودة التعليم وتجهيز الطلاب بشكل أفضل لمتطلبات سوق العمل.