في 8 أغسطس عام 2000، شهد عشاق النادي الأهلي صدمة كبيرة برحيل التوأم حسام وإبراهيم حسن إلى نادي الزمالك، حيث تمت الصفقة كانتقال حر بعد أن قررت إدارة الأهلي برئاسة الراحل صالح سليم الاستغناء عن خدماتهما.
تواجد التوأم في صفوف الزمالك من عام 2000 حتى 2004، حيث ساعدا في إعادة الهيبة للنادي الأبيض من خلال تحقيق العديد من الإنجازات والبطولات تحت قيادة مجلس إدارة الدكتور كمال درويش.
تظل تفاصيل وأسباب رحيل التوأم عن الأهلي عام 2000 غامضة، رغم تألقهما وكونهما من أهم عناصر الفريق.
قاد التوأم الزمالك للفوز بلقب الدوري ثلاث مرات خلال أربع مواسم، بالإضافة إلى كأس مصر مرة واحدة، والسوبر المصري مرتين، والسوبر المصري السعودي مرة واحدة، ودوري أبطال أفريقيا مرة واحدة، والبطولة العربية للأندية مرة واحدة، والسوبر الأفريقي مرة واحدة.
كما حصل حسام حسن على لقب عميد لاعبي العالم خلال فترة تواجده في الزمالك، وانتقل في عام 2004 مع شقيقه إبراهيم إلى المصري البورسعيدي بعد خلاف مع إدارة الزمالك، ثم انتقلا إلى الترسانة، ومن ثم إلى الاتحاد السكندري، وأعلنا اعتزالهما في عام 2007، حيث يشغل حسام حالياً منصب مدرب منتخب مصر الأول.