في 30 أغسطس 2005، أحرز الأنجولي أمادو فلافيو هدفه الرسمي الأول مع فريق الأهلي، حيث سجل هدفاً في مرمى غزل المحلة خلال مباراة انتهت بفوز الأهلي 3-1. ومن المثير أن هذا الهدف كان الوحيد الذي سجله فلافيو في موسمه الأول مع الفريق، حيث أضاف أيضاً عماد النحاس ومحمد بركات هدفين للأهلي، وسجل هشام سعيد هدف المحلة، في إطار منافسات الأسبوع الثالث من موسم 2005-2006.
عند بدء مشاركة فلافيو مع الأهلي، واجه اللاعب انتقادات كبيرة من الجماهير ووسائل الإعلام بسبب فشله في التسجيل من العديد من الفرص التي أتيحت له، باستثناء هذا الهدف الذي وصف بأنه جاء عن طريق الصدفة. كما زادت الانتقادات بعد إهداره لركلة جزاء في الدور نصف النهائي لبطولة دوري أبطال أفريقيا عام 2005 أمام الزمالك.
ومع بداية موسمه الثاني، تغيرت أوضاع فلافيو بشكل كبير، حيث أصبح محبوباً لدى جماهير الأهلي بفضل أهدافه الحاسمة في مختلف البطولات التي حققها الفريق، وتوج جهوده بالفوز بلقب هداف الدوري المصري.
شارك فلافيو مع الأهلي في كأس العالم للأندية، حيث سجل 3 أهداف خلال مشاركاته في البطولة. ونجح في تحقيق هدفه الأخير مع الأهلي خلال المباراة الفاصلة أمام الإسماعيلي في موسم 2009، حيث سجل هدف رأسية ساهمت في الحفاظ على لقب الدوري.
حقق فلافيو مع الأهلي خمس بطولات دوري محلي، وثلاثة ألقاب من كأس السوبر المصري، وثلاث بطولات دوري أبطال أفريقيا، وثلاثة كؤوس محلية. كما شكل ثنائيًا رائعًا مع المواطن جيلبرتو، وكان لهما دور بارز في تحقيق النجاح للأهلي على الصعيدين المحلي والقاري.
في نهاية موسم 2009-2010، انتقل فلافيو إلى نادي الشباب السعودي مقابل حوالي 24 مليون جنيه، بعد صفقة كبيرة حقق الأهلي من خلالها مكاسب مالية. لكنه تعرض لإصابة في الرباط الصليبي بعد فترة قصيرة مما دفع النادي السعودي للاستغناء عنه، ليغادر بعدها إلى ليرس البلجيكي، ثم إلى أيل ليمسول القبرصي، وأخيراً عاد إلى نادي بترو الذي بدأ منه مسيرته.
أعلن فلافيو اعتزال كرة القدم في يناير 2014، ليضع نهاية لمسيرة مليئة بالإنجازات خاصة مع الأهلي، تاركاً وراءه بصمة لا تنسى في تاريخ النادي.